(19)国家知识产权局 (12)发明 专利 (10)授权公告 号 (45)授权公告日 (21)申请 号 202210323687.7 (22)申请日 2022.03.30 (65)同一申请的已公布的文献号 申请公布号 CN 114410848 A (43)申请公布日 2022.04.29 (73)专利权人 深圳联合医学 科技有限公司 地址 518052 广东省深圳市南 山区西丽留 仙洞留仙文化园 （桑泰科技园） 6 栋202 (72)发明人 谭爱女　郭永超　王艳平　蔡锦刚　 徐露　 (74)专利代理 机构 北京派特恩知识产权代理有 限公司 1 1270 专利代理师 朱磊　蒋雅洁 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01)(56)对比文件 CN 113881812 A,202 2.01.04 CN 113215312 A,2021.08.0 6 CN 113817868 A,2021.12.21 WO 2022037623 A1,202 2.02.24 CN 114107572 A,202 2.03.01 CN 113846147 A,2021.12.28 Vivek P. C havda等.SARS- CoV-2 variants and vulnerability at the gl obal level. 《Journal of Medical Viro logy》 .202 2,第1-20 页. Alexander W ilhelm等.Reduced Neutralization of SARS- CoV-2 Omicron Variant by Vac cine Sera and Mo noclonal Antibodies. 《medRxiv》 .2021,第1-9页. 审查员 田原 (54)发明名称 检测SARS-CoV-2的组合物、 试剂盒、 方法及 其用途 (57)摘要 本发明属于分子生物学检测领域； 具体地， 涉及SARS ‑CoV‑2的检测； 更具体地， 涉及检测 SARS‑CoV‑2的组合物、 试剂盒、 方法及其用途。 本 发明提供了包含 所述组合物的试剂盒， 所述组合 物的用途， 以及用于检测SARS ‑CoV‑2变异株并分 型的方法。 通过检测不同的特征功能变异位点， 对奥密克戎和德尔塔变异株进行分型， 从而在单 管反应体系中同时实现SARS ‑CoV‑2变异株分型 的检测。 使得不同毒株能够得到区别对待， 从而 使得治疗和预防更效率。 本发明的组合物成本 低， 通量高， 操作 简便， 结果读取过程通过扩增曲 线Ct值即可以判定。 检测全 过程均在单管封闭条 件下进行， 避免了假阳性和环境污染。 权利要求书1页 说明书7页 序列表3页 附图5页 CN 114410848 B 2022.07.05 CN 114410848 B 1.一种能够检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的组合物， 所述组合物同时包括： 第一核酸组合物： 如SEQ ID NO:1所示的突变T478K上游引物、 如SEQ  ID NO:2所示的突变T478K下游引 物， 和如SEQ  ID NO:3所示的突变T478K探针； 第二核酸组合物： 如SEQ ID NO:4所示的突变HV69 ‑70del上游引物、 如SEQ  ID NO:5所示的突变HV69 ‑ 70del下游引物， 和如SEQ  ID NO:6所示的突变HV69 ‑70del探针； 第三核酸组合物： 如SEQ ID NO:7所示的突变Q954H上游引物、 如SEQ  ID NO:8所示的突变Q954H下游引 物， 和如SEQ  ID NO:9所示的突变Q954H 探针； 以及 第四核酸组合物： 如SEQ ID NO:10所示的突变L452R上游引物、 如SEQ  ID NO:11所示的突变L452R下游引 物， 和如SEQ  ID NO:12所示的突变L 452R探针。 2.根据权利要求1所述的组合物， 其中， 所述第 一、 第二、 第三以及第四核酸组合物之间 的探针的荧 光基团彼此互不相同且互不干扰。 3.根据权利要求2所述的组合物， 其中， SEQ  ID NO:3荧光报告基团为FAM； SEQ  ID NO:6 的荧光报告基团为VIC； SEQ  ID NO:9的荧光报告基团为ROX； SEQ  ID NO:12的荧光报告基团 为CY5。 4.根据权利要求3所述的组合物， 其中， 所述组合物还包括： 如SEQ  ID NO:13所示的通 用上游引物， 和如SEQ  ID NO:14所示的通用下游引物； 其中， 所述通用上游引物连接至第 一、 第二、 第三以及第四核酸组合物上游引物的5 ’端； 所述通用下游引物连接至第一、 第二、 第三以及第四核酸组合物下游引物的5 ’端。 5.根据权利要求1~4中任一项所述的组合物， 其中， 所述组合物的各核酸组合物存在于 同一个包 装中。 6.权利要求1~5中任一项所述的组合物在制备检测SA RS‑CoV‑2变异株并分型的试剂盒 中的用途， 其特 征在于， 所述变异株为奥密克戎BA.1、 BA.2以及德尔塔。 7.一种检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的试剂盒， 所述试剂盒包括权利要求1~5中任一 项所述的组合物。 8.根据权利要求7所述的试剂盒， 其中， 所述试剂盒还包括核酸释放试剂、 核酸提取试 剂、 dNTP、 逆转录酶、 尿嘧啶糖 基化酶、 DNA聚合酶、 PCR缓冲液以及Mg2+中的至少一种。 9.一种用于以非诊断目的检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的方法， 其特征在于， 所述变 异株为奥密克戎BA.1、 BA.2以及德尔塔， 所述方法包括以下步骤： 1） 提取或释放待测样本的核酸； 2） 使用如权利要求1~5中任一项所述的组合物或如权利要求7~8中任一项所述的试剂 盒对步骤1） 获得的核酸进行荧 光定量PCR及熔解曲线分析； 3） 获得并分析 结果。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114410848 B 2检测SARS ‑CoV‑2的组合物、 试剂盒、 方 法及其用途 技术领域 [0001]本发明属于分子生物学检测领域； 具体地， 涉及SARS ‑CoV‑2的检测； 更具体地， 涉 及SARS‑CoV‑2变异株奥密克戎 （O micron） BA.1、 BA.2以及德尔塔 （Delta） 的检测。 背景技术 [0002]新型冠状病毒 （2019 ‑nCoV， SARS ‑CoV‑2） ， 在2020年2月11日国际病毒分类委员会 将该病毒命名为SARS ‑CoV‑2。 冠状病毒是一个大型病毒家族， 在此之前已知有6种可以感染 到人类， 如可引起感冒以及中东呼吸综合征 （MERS） 和严重急性呼吸综合征 （SARS） 等， 而 SARS‑CoV‑2是以前从未在人体中发现的冠状病毒新毒株， 该病毒在分类学上属于冠状病毒 科 （Coronaviridae） 冠状病毒属 （Coronavirus） 中的β 类型冠状病毒， 具有囊膜和刺突细胞 学特征基因组为线性单股正链的RNA （(+)s sRNA） 病毒。 [0003]据世界卫生组织官网显示， 目前全世界已经发现数百种新冠病毒的变种， 迄今为 止， 最新出现的奥密克戎变异株BA.1、 BA.2同时具有 前4个“需要关注 ”的变异株一些重要氨 基酸突变位点， 包括细胞 受体亲和力、 病毒复制能力和免疫 逃逸能力增强的位点。 突变的叠 加可能降低部分抗体药物对奥密克戎变异株的保护效力。 根据英国和丹麦的研究， BA.2的 传染性比最初的Omicron变种BA.1高出约30%， 而且更容易引发严重疾病， BA.2需要更密切 的关注， 而BA.1的传播速度也比Delta毒株增加70%多， 除此之外， 此前流行的Delta也仍需 要极高的关注。 而现有技术还未存在检测奥密克戎和德尔塔变异株以及区分BA.1、 BA.2的 试剂。 [0004]因此， 本领域需求一种能够准确检测奥密克戎变异株以及德尔塔变异株的试剂， 以便针对性采取防疫和治疗措施， 使得应对更为效率。 同时， 检测所需时间短， 灵敏度高。 发明内容 [0005]有鉴于此， 第一方面， 本发明提供了一种能够检测SARS ‑CoV‑2变异株并分型的组 合物， 所述组合物同时包括： [0006]第一核酸组合物： [0007]如SEQ ID NO:1所示的突变T478K上游引物、 如S EQ ID NO:2所示的突变T478K下游 引物， 和如SEQ  ID NO:3所示的突变T478K探针； [0008]第二核酸组合物： [0009]如SEQ ID NO:4所示的突变HV69 ‑70del上游引物、 如SEQ  ID NO:5所示的突变 HV69‑70del下游引物， 和如SEQ  ID NO:6所示的突变HV69 ‑70del探针； [0010]第三核酸组合物： [0011]如SEQ ID NO:7所示的突变Q954H上游引物、 如S EQ ID NO:8所示的突变Q954H下游 引物， 和如SEQ  ID NO:9所示的突变Q954H 探针； 以及 [0012]第四核酸组合物： [0013]如SEQ ID NO:10所示的突变L452R上游引物、 如S EQ ID NO:11所示的突变L452R下说　明　书 1/7 页 3 CN 114