(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210461391.1 (22)申请日 2022.04.28 (71)申请人 江苏省疾病预防控制中心 （江苏省 公共卫生研究院） 地址 210000 江苏省南京市 鼓楼区江苏路 172号 (72)发明人 乔乔　吴涛　朱小娟　赵康辰　 吴斌　葛以跃　陈银　崔仑标　 单云峰　 (74)专利代理 机构 北京东方盛凡知识产权代理 事务所(普通 合伙) 11562 专利代理师 张换君 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/6844(2018.01)C12N 15/11(2006.01) C12R 1/93(2006.01) (54)发明名称 一种检测新型冠状病毒7a亚基因的引物组 和探针及其应用、 产品 (57)摘要 本发明公开了一种检测新型冠状病毒7a亚 基因的引物组和探针及其应用、 产品， 涉及生物 技术领域。 所述引物组包括如SEQ  ID NO.4所示 的上游引 物和如SEQ  ID NO.2所示的下游引 物； 所述探针的核苷酸系列如SEQ  ID NO.3所示。 根 据转录组测序分析 发现， 在病毒复制过程中N、 E、 7a亚基因表达量较高， 本发明通过提供一种针对 新型冠状病毒7a亚基因的引物组和探针， 利用荧 光RT‑RAA技术实现了对新型冠状病毒亚基因的 快速检测， 从而 为判断SARS ‑CoV‑2临床样本的感 染性提供参考。 权利要求书1页 说明书5页 序列表1页 附图2页 CN 114836577 A 2022.08.02 CN 114836577 A 1.一种检测新型冠状病毒7a亚基因的引物组和探针， 其特征在于， 所述引物组包括如 SEQ ID NO.4所示的上游引物和如SEQ  ID NO.2所示的下游引物； 所述探针的核苷 酸系列如 SEQ ID NO.3所示。 2.根据权利要求1所述的检测新型冠状病毒7a亚基因 的引物组和探针， 其特征在于， 所 述探针的5 ’端以FAM荧 光基团标记， 3 ’端以BHQ1荧 光基团标记。 3.如权利要求1或2所述的引物组和探针在制备检测新型冠状病毒7a亚基因的试剂盒 或试剂中的应用。 4.一种荧光RT ‑RAA检测新型冠状病毒7a亚基因的产品， 其特征在于， 所述产品包含权 利要求1或2所述的引物组和探针。 5.根据权利要求 4所述的产品， 其特 征在于， 所述产品包括试剂盒 或试剂。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114836577 A 2一种检测新型冠状病毒7a亚 基因的引物组和探针及其应用、 产品 技术领域 [0001]本发明涉及生物技术领域， 特别是涉及一种检测新型冠状病毒7a亚基因的引物组 和探针及其应用、 产品。 背景技术 [0002]新型冠状病毒肺炎(COVID ‑19)是由SARS ‑CoV‑2导致的一种急性传染病。 新型冠状 病毒感染人 的致病机理未完全阐明， 人体感染病毒后可在长达2个月左右 时间检测到病毒 核酸， 肛拭子检测阳性时间则更长。 目前， 新冠肺炎患者出院及解除隔离标准以核酸检测阴 性为准。 然而， 在临床恢复数周后还能被PCR技术检测到的病毒核酸是否具有感染性并不确 定。 临床上也会 出现很多患者 “复阳”的情况， 但是没有 出现因为复阳而传播的病例， 因此这 些复阳病例是否具有传染性也是未知。 此前已有报道， 从核酸检测阳性的冷冻食品外包装 样本中成功分离到SARS ‑CoV‑2毒株， 这说明核酸阳性的环境样本也具备传染性。 然而通过 病毒分离培养的方式来判断 “复阳”病例或者环 境样本的传染性， 需要在生物 安全3级(BSL ‑ 3)实验室开展实验， 且操作复杂， 耗费时间长， 敏感性差， 影响患者隔离和出院时间， 也加重 了政府和医院的经济负担。 因此， 一种可以快速检测SARS ‑CoV‑2核酸阳性样本是否具有感 染性的方法具有重要的现实意 义。 [0003]SARS‑CoV‑2与其他冠状病毒相似， 是一种有包膜的， 单股正链RNA病毒， 基因组全 长约为30kb。 SARS ‑CoV‑2基因组的5 ′UTR区含有一个～70nt的leader序列(5 ′ ‑leader)， 紧 邻各开放阅读框架(ORFs)存在许多 转录调控序列(TRS)， 包括主体TRS(TRS ‑B)和5′ ‑leader  TRS(TRS‑L)。 病毒在 进入宿主细胞之后， 首先以正链RNA为模板形成一个互补的负链RNA， 以 复制产生的负链RNA为模板进行转录， 产生正链基因组RNA(gRNA)， 但是在基因组复制产生 负链时， RNA依赖的RNA聚合酶(RdRP)在穿过TRS ‑B时复制暂停并跳转到TRS ‑L， 这种不连续 的复制会导致5 ′ ‑leader和主体序列融合， 拼接成不同长度的负链RNA， 以负链RNA为模板进 行转录， 产生多种sgRNAs。 这些sgRNAs编码病毒结构蛋白(S、 E、 M、 N)， 以及辅助蛋白(3a、 6、 7a、 7b、 8和10)。 虽然sgRNAs在SARS ‑CoV‑2复制和致病过程中发挥的功能还需进一步阐明， 但是sgRNAs仅在感染细胞中进行转录， 且不被包装成病毒颗粒释放出细胞， 因此检测到 sgRNAs可以提示活动性感染的存在。 目前有报道显示在患者感染早期可以检测出sgRNAs， 感染后期检测不到sgRNAs， 这说明sgRNAs的存在是SARS ‑CoV‑2活动性复制的标志， 而不是 残留的病毒RNA， 因此sgRNAs检测可以用来判断SARS ‑CoV‑2核酸阳性样本是否具有感染性。 发明内容 [0004]本发明的目的是提供一种检测新型冠状病毒7a亚基因的引物组和探针及其应用、 产品， 以解决上述现有技术存在的问题， 根据转录组测序分析发现， 在病毒复制过程中N、 E、 7a亚基因表达量较高， 本发明旨在提供一种针对新型冠状病毒 7a亚基因的引物、 探针组合， 利用荧光RT ‑RAA技术实现对新型冠状病毒亚基因的快速检测， 从而为判断SARS ‑CoV‑2临床说　明　书 1/5 页 3 CN 114836577 A 3