(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210441047.6 (22)申请日 2022.04.26 (71)申请人 中国热带农业科 学院三亚研究院 地址 572000 海南省三 亚市崖州区创意产 业标准厂房二区三楼 235区 (72)发明人 贾瑞宗　郭安平　纪长绵　王雨　 温思钰　蒋倩　戴云素　郭盼　 周瑶　 (74)专利代理 机构 西安合创非凡知识产权代理 事务所(普通 合伙) 61248 专利代理师 白文佳 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12Q 1/686(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与番木瓜果实腔室直径相关的SNP分子标记 及应用 (57)摘要 本发明涉及分子生物学领域， 具体涉及一种 与番木瓜果实腔室直径相关的SNP分子标记及应 用。 本发明基于GWAS分析方法发现了番木瓜果实 腔室直径相关的SNP分子标记， 所述分子标记位 于Chr03染色体 上的Cpa03g018770基因promoter 区域， 命名为分子 标记Cpa03g018770： ‑929， 其核 苷酸序列如SEQ  ID No.1第52位所示。 本发明所 述的SNP分子标记可用于 快速检测和筛选果实腔 室直径较小 （番木瓜中果实腔室直径较小代表果 实内部空心较少， 果肉较饱满） 的番木瓜育种材 料， 辅助杂交育种， 缩短新品种培育周期， 且检测 成本较低、 不受环境限制、 检测结果准确性高、 易 重复。 权利要求书1页 说明书5页 序列表1页 附图2页 CN 114622034 A 2022.06.14 CN 114622034 A 1.与番木瓜果实腔室直径相关的SNP分子标记， 其特征在于： 所述SNP分子标记位于 Chr03染色体的第28651986位碱基， 命名为 分子标记Cpa03g018770： ‑929； 所述SNP分子标记 位于SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第52位所示。 2.如权利 要求1所述的SNP 分子标记， 其特征在于， 所述的SNP分子标记与番木瓜调控果 实腔室直径大小的Cpa03g018770基因显著相关P<0.01， 其中， Cpa03g018770： ‑929具有T/C 多态性， C等 位基因与果实腔室直径较小极显著相关。 3.如权利要求1 ‑2任意一项所述的SNP分子标记的应用， 其特征在于： 可用于检测或预 测番木瓜果实腔室直径大小中。 4.如权利要求1 ‑2任意一项所述的SNP分子标记的应用， 其特征在于： 可用于番木瓜果 实腔室直径大小的选择。 5.如权利要求1 ‑2任意一项所述的SNP分子标记的应用， 其特征在于： 可用于番木瓜分 子标记辅助育种。 6.如权利要求5所述的SNP分子标记的应用， 其特征在于： 可用于番木瓜果实腔室直径 大小育种进程中。 7.一种制备如权利要求1所述的分子标记的方法， 其特征在于： 以含有SNP标记的核苷 酸序列位基础序列， 设计引物对， 以番木瓜基因组DNA为模板进行PCR扩增， 使所述的SNP标 记转化为786bp的分子标记。 8.如权利要求7所述的分子标记的方法， 其特征在于： 所述引物对的上游引物为： tatgattgat tttaacttat a， 下游引物为： Tt tcacgctc tgatagttga a。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114622034 A 2与番木瓜果实腔室直径相关的SNP分子标记及应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子生物学领域， 具体涉及一种与番木瓜果实腔室直径相关的SNP分 子标记及应用。 背景技术 [0002]番木瓜是一种热带常绿果树， 为番木瓜科番木瓜属多年生肉质草本植物， 又名乳 瓜、 石瓜、 万寿果、 番瓜、 木冬瓜、 木瓜、 莲生果。 其原产于墨西哥和中美洲， 广泛栽培与全世 界的热带和亚热带地区， 自17世纪传入我国， 主产于广东、 海南、 广西、 云南、 台湾、 福建、 四 川西昌和江西赣州也有种植。 番木瓜鲜果外形美观、 皮薄肉厚、 汁多味甜、 气味香甜、 营养丰 富。 成熟番木瓜果肉呈黄色或红色， 胡罗卜素、 番茄红素含量丰富， 具有卓越的保健效果和 重要的食用价值和工业价值。 发展番木瓜生产将极大刺激食品加工、 医药卫生、 美容保健和 养殖业等相关产业的发展， 具有重要的意 义。 [0003]分子育种有助于选择目标性状然后培育新品种。 随着遗传学的发展， 遗传标记的 方法可以作为辅助工具帮助人们进行选择， 提高育种过程中的准确性(孙德权等,  2006,  种子, 25(12): 54‑57)。 对于番木瓜的抗病毒育种研究， 随着组织培养技术不断的完善， 基 因工程技术有了很大进展。 Fitch等(1990)研究中采用基因枪法培育出转基因番木瓜植株， 然后进一步培育并成功得到具有稳定的遗传性状的相关愈伤组织。 周鹏等(1997,  热带作 物学报,16(2):  66‑69)研究了  PRV‑CP‑SN 的双价基因转入进番木瓜中， 成功得到了转基 因的植株。 周鹏和郑学勤(1996,  热带作物学报,  17(2): 84‑87)利用农杆菌介导法得到的 转基因植株可以成功表达  Sm 株 CP 基因。 赵志英等(1998,  热带作物学报,  19(2): 20‑ 26)利用基因工程技术， 把  PRV RNA 的核酶相关基因转入了番木瓜中， 成功得到了转基因 植株， 该研究也进行了人工接种相 应攻毒研究。 国内中山大学的生命科学院等单位通过大 量研究也成功得到了转基因的番木瓜  植 株(于湄等,  2001)。 Kumar  等(2018)基于转基因 来源的 序列同源性分析， 培育出转  CP 与 GFP 融合基因的  番木瓜， 用于提高转基因番木 瓜株系以抵抗  PRSV 感 染。 Jia 等(2017)试验产生的转基因番木瓜品系， 对PRSV  有一定 的应用价值。 基因工程方法可以作为防控番木瓜育种中抗病育种的一个比较好的方法， 这 个方法使番木瓜能够抵抗各种病毒病(例如:  环斑病毒病)成为可能； 而番木瓜组培快繁技 术(蔡英卿和赖钟雄,  2003)不仅为番木瓜种质资源的保存提供了有效的途径， 也 成功保持 优良品种(抗病,  优质, 高产)的遗传稳定性， 同时为国际间的种质交流 提供了方便 。 [0004]单核苷酸多态性(single  nucleotide polymorphism， SNP),主要 是指在基因组水 平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 相比早期RAPD、 AFLP、 SSR等分子标记， SNP分子标记具有在个体基因组上分布广泛、 数量较多， 易于基因分型 （SNP的二态性） 、 适于 快速、 规模化筛查等优势。 全基因组关联分析 （GWAS） 是基于高通量SNP分子标记与性状间关 系， 挖掘性状相关候选基因的方法， 其基本原理是群体中基因间连锁 不平衡 （LD） 现象。 GWAS 最早被应用于人类疾病研究中， 其在 复杂数量性状的遗传基础解析上有重要的作用， 对于 挖掘真正的主效基因或关键变异位点有着绝对的优势。 2010年至今， 二代测序技术的推广说　明　书 1/5 页 3 CN 114622034 A 3