(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210441254.1 (22)申请日 2022.04.25 (71)申请人 四川省畜牧科 学研究院 地址 610000 四川省成 都市锦江区牛沙路7 号 (72)发明人 邝良德　李丛艳　李钰莹　梅秀丽　 雷岷　郭志强　郑洁　杨锐　 谢晓红　季杨　任永军　张翔宇　 张翠霞　杨超　唐丽　袁定胜　 (74)专利代理 机构 成都华风专利事务所(普通 合伙) 51223 专利代理师 杜朗宇 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01)C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种与兔肌肉品质性状相关的SNP分子标记 及其应用 (57)摘要 本发明属于分子生物技术和分子标记技术 领域， 公开了一种与兔肌肉品质性状相关的SNP 分子标记及其应用， 所述SNP分子标记的核苷酸 序列如SEQ  IDNo.1所示， 所述SNP位点对应于兔 基因组序列OryCun2.0版本第12号染色体第 149848214bp位点， 该位点存在G/A碱基突变。 本 发明还提供一种用于鉴定上述SNP分子标记的引 物组， 通过该分子标记及引物组， 可确定肉兔肌 肉品质性状， 为肉品质优良的肉兔新品种的选育 提供可靠的工具； 通过优选该SNP分子标记的优 势等位基因， 能够加快兔的育种遗传进展， 节省 育种成本， 提高养殖经济效益。 权利要求书2页 说明书6页 序列表1页 附图1页 CN 114752686 A 2022.07.15 CN 114752686 A 1.一种与兔肌肉品质性状相 关的SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记的核苷 酸序列如SEQ  ID No.1所示， 所述SNP位点对应于兔基因组序列OryCun2.0版本第12号染色 体第149848214bp位 点， 该位点存在G/A碱基突变。 2.一种用于鉴定权利要求1所述的与兔肌肉品质性状相关的SNP分子标记的引物组， 其 特征在于， 包 含上游引物、 下游引物以及延伸引物； 上游引物： 5 ’ ‑ACGTTGGATG ATTCAGGTGT GACGAGGATG‑3’； 下游引物： 5 ’ ‑ACGTTGGATG TTTGGTCTTC CACTCGAAGG‑3’； 延伸引物： 5 ’ ‑CCTCGCACCCGCGCAC‑3’。 3.一种用于鉴定权利要求1所述的与兔肌肉品质性状相关的SNP分子标记的试剂 盒， 其 特征在于， 包括权利要求2所述的引物组或权利要求1所述SNP分子标记的标准阳性模板 。 4.权利要求1所述的SNP分子标记、 权利要求2所述的引物 组或权利要求3所述的试剂盒 在鉴定兔肌肉品质、 遗传育种中的应用。 5.根据权利要求 4的应用， 其特 征在于， 所述 鉴定兔肌肉品质的方法包括如下步骤： 1)提取待测兔的基因 组DNA； 2)以待测兔的基因组DNA为模板， 用权利要求2所述引 物组中进行PCR扩增， 获得PCR产 物； 3)用酶消化所述PCR产物， 去除PCR产物中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸和引物； 4)以消化后的产物PCR为模板， 使用权利要求2所述引物组中的单碱基延伸引物进行延 伸反应， 得到延伸产物； 5)检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异， 确定该点处碱基， 从而确定基因型。 6.根据权利要求 4的应用， 其特 征在于， 所述基因型为G G、 GA、 AA型； 所述基因型为A A型的兔肌肉品质性状明显优于G G型和GA型。 7.根据权利要求4的应用， 其特征在于， 所述PCR扩增的反应体系为5 μL， 包括20n g/ μL基 因组DNA 1 μL， 10×PCR反应缓冲液0.625 μL， 25 mmol/L MgCl20.325 μL， 25 μmol/L  dNTPs 0.1 μL， 0.5 μmo l/L上游引物和下游引物共1 μL， 5U/ μLTaq  DNA聚合酶0.1 μL， 去离 子水1.85 μL； 所述PCR扩增的反应程序为： 预变性94℃2min； 变性94℃20s， 退火56℃30s， 延伸72℃ 60s， 45个循环； 72℃保持3mi n。 8.根据权利要求 4的应用， 其特 征在于， 用SAP酶消化所述PCR产物； 所述SAP酶反应的反应体系为7 μL， 10 ×SAP Buffer 0.17 μL， 1U/ μL  SAP Enzyme 0.30 μ L， 去离子水1.53 μL， PCR产物5 μL； 所述SAP酶反应的反应程序为： 37℃20mi n； 85℃5mi n。 9.根据权利要求4的应用， 其特征在于， 所述延伸反应的反应体系为9μL， 包括iplex   Buffer Plus 0.2μL， iplex  Termination  mix 0.2μL， 0.625～1.25μmol/L  primer mix  0.94 μL， iplex  Enzyme0.041 μL， 去离 子水0.619 μL， SAP+PCR  reaction 7 μL； 所述延伸反应的反应程序为： 94℃30s； 94℃ 5s， (52℃5s， 80℃ 5s， 5个循环)， 40个循环； 72℃3min。 10.根据权利要求4的应用， 其特征在于， 所述兔遗传育种的改良方法包括如下步骤： 确 定兔的权利要求 1所述的SNP分子标记， 并根据SNP分子标记做出相应的选择： 兔的继代选育 参考兔基因组序列OryCun2.0版本第12号染色体第149848214bp位点的AA型个体， 淘汰该点权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 114752686 A 2的GG型和GA型个 体； 以逐代提高该位 点的等位基因A的频率， 从而提高后代兔的肌肉品质。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 114752686 A 3