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(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210400024.0 (22)申请日 2022.04.15 (71)申请人 中国农业科 学院北京畜牧兽医研究 所 地址 100193 北京市海淀区 圆明园西路2号 (72)发明人 蒋琳 李业芳 张政凯 马月辉 浦亚斌 (74)专利代理 机构 北京路浩知识产权代理有限 公司 11002 专利代理师 孙怡 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 与山羊耐热性状相关的SNP分子标记及其应 用 (57)摘要 本发明涉及分子标记 技术领域, 具体公开了 与山羊耐热性状相关的SNP分子标记及其应用。 本发明的SNP分子标记位于山羊第4号染色体第 104319871bp位点; 所述位点上存在G/A碱基突 变, 与山羊耐热性状具有显著的相关性。 本发明 的SNP标记能够用于山羊分子标记辅助育种, 不 受山羊的年龄、 性别等限制, 能够显著促进耐热 性山羊选育的育种进程。 权利要求书1页 说明书5页 序列表1页 附图2页 CN 114854872 A 2022.08.05 CN 114854872 A 1.与山羊耐热性状相关的SNP分子标记, 其特征在于, 所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.3所示序列的第472位, 其多态性形式为G/A。 2.根据权利 要求1所述的SNP分子标记, 其特征在于, 当所述SNP分子标记的多态性位点 的基因型为AA时, 对应于山羊耐热性高, 当所述SNP分子标记的多态 性位点的基因型为GA或 GG时, 对应于山羊耐热性低。 3.用于扩增权利要求1或2所述的SNP分子标记的引物组。 4.根据权利要求3所述的引物组, 其特征在于, 所述引物组包括正向引物和反向引物; 所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示; 所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。 5.含有权利要求3或4所述的引物组的试剂或试剂盒, 其特征在于, 所述试剂盒还包括 dNTPs Mixture、 TaKaRa Ex Taq DNA聚合酶、 PCR反应缓冲液、 标准阳性模板中的至少一种。 6.鉴定或选 育耐热山羊品种的方法, 其特 征在于, 包括以下步骤: 1)提取待测山羊的基因 组DNA; 2)以待测山羊的基因 组DNA为模板, 利用SEQ ID NO:1‑2所示的引物进行PCR扩增反应; 3)分析PCR扩增产物。 7.根据权利要求6所述的方法, 其特征在于, 步骤2)中所用PCR扩增反应体系以50μl计 包括: 50~100ng/μl待测山羊的基因组DNA 1μl, 10pmol/μl正向引物和反向引物各1μl, 10mmol/L dNTPs Mixture 1 μl, 1.25U/2 5 μl TaKaRa Ex Taq DNA聚合酶1 μl, 2 ×PCR反应缓 冲液25 μl和余 量的双蒸水。 8.根据权利 要求6所述的方法, 其特征在于, 步骤2)中所用PCR扩增反应程序为: 95℃预 变性5min; 95℃变性30s, 55℃或60℃退火30s, 72℃延伸1 ‑2min, 共30 ‑35个循环; 72℃保温 2min。 9.根据权利 要求6‑8任一项所述的方法, 其特征在于, 步骤3)包括: 检测 PCR扩增产物第 472bp处的基因型, 基因型为A A的个体耐热性显著高于GA、 G G基因型。 10.权利要求1或2所述的SNP分子标记、 权利要求3或4所述的引物组或权利要求5所述 的试剂或试剂盒的以下任一应用: (1)用于耐热山羊品种的鉴定及改良; (2)用于山羊耐热性状早期预测; (3)用于与山羊耐热性状相关的分子标记辅助育种。权 利 要 求 书 1/1 页 2 CN 114854872 A 2与山羊耐热性状相关的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及分子标记技术领域, 具体地说, 涉及与山羊耐热性状相关的S NP分子标 记及其应用。 背景技术 [0002]ICA1基因被称为1型胰岛细胞自身抗原基因, 该基因编码一个具有ar faptin(ADP 核糖基化因子结合蛋白)同源结构域的蛋白。 该蛋白一般在细胞质、 高尔基体或未成熟的分 泌物中以膜结合的形式存在, 被认为是胰岛素依赖型糖尿病和原发性干燥综合征 的抗原。 该基因突变后, 可能会影响神经递质的分泌过程, 对细胞间信号传导、 激素分泌等过程产生 影响。 [0003]随着气温逐步升高和集约化养殖加剧, 山羊对热环境的适应性问题逐渐成为规模 化养殖场不得不面临的一项挑战。 山 羊处于极端的高温环境下, 机体会出现热应激, 进而在 生理、 泌乳、 繁殖等环节给行业造成损失。 山羊对热环境的适应性是一个复杂的生物过程, 涉及到许多不同的生物过程和调节蛋白。 近年来, 分子遗传技术的飞速发展, 使DNA分子标 记技术在山 羊遗传多样性研究中起着重要作用, 为更好地开 发和利用优良品种的优良经济 特性及保护和 合理的利用品种资源。 因此有必要开发山羊特异的分子标记, 应用于耐热性 山羊的选 育, 并为耐热性 山羊的分子 育种提供一定的理论依据。 发明内容 [0004]本发明的目的是提供一种与山羊耐热性状相关的SNP分子标记及其应用。 [0005]具体地, 本发明的技 术方案如下: [0006]本发明提供一种与山羊耐热性状相关的SNP分子标记, 所述SNP分子标记位于SEQ ID NO.3所示序列的第472位, 其多态性形式为G/A。 [0007]本发明中, 当所述SNP分子标记的多态性位点的基因型为AA时, 对应于山羊耐热性 高, 当所述SNP分子标记的多态性 位点的基因型为GA或G G时, 对应于山羊耐热性低。 [0008]本发明在高温和低温环境下山羊群体中进行选择信号筛选, 发现ICA1基因座位的 多态性变异对山 羊热适应性的影响达到显著水平。 所述SNP分子标记位于山 羊第4号染色体 第104319871b p位点; 所述位点上存在G/A碱基突变, 与山羊耐热性状具有显著的相关性, 该 基因存在AA、 GA和GG三种基因型, AA基因型的个体耐热性显著高于GA基因型以及GG基因型; 所述SNP分子标记基于山羊基因 组序列信息版本号ASM1704 41v1, 2016年8月。 [0009]在本发明中, 在山羊第4号染色体第104319871bp位点, 等位基因A在热环境山羊中 的频率高达65.60%, 而在常温环 境、 低温环 境和极低温环 境山羊中频率只有2 4.02%。 对于 通过基因型区分和筛选出山 羊耐热性状的山 羊具有较大的指导意义, 能够提高耐热山羊筛 选的准确率和效率。 [0010]本发明还提供用于扩增上述SNP分子标记的引物组。 [0011]优选, 所述引物组包括正向引物和反向引物; 所述正向引物的核苷酸序列如SEQ 说 明 书 1/5 页 3 CN 114854872 A 3
专利 与山羊耐热性状相关的SNP分子标记及其应用
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